Απολύμανση δεξαμενών νερού  σε χώρους όπως η υδατοδεξαμενή ή το ντεπόζιτο, το νερό μπορεί να έρθει σε επαφή με μολυσματικούς παράγοντες (συνήθως ιοί και βακτηρίδια). Αυτό μπορεί να συμβεί είτε από αμέλεια κατά τη συντήρηση των δικτύων ύδρευσης είτε από τυχαία είσοδο μικροβίων. Ακόμα  φερτές ύλες ή επικαθίσεις, μπορούν να δημιουργήσουν τις συνθήκες για τον αποικισμό και την ανάπτυξη βακτηριδίων. Η απολύμανση εξασφαλίζει την εξουδετέρωση του μικροβιακού φορτίου που απειλεί άμεσα την υγεία.